Nato a Rimini il 24 settembre 1967, Igor Protti è più precisamente di S. Ermete, nel territorio di Santarcangelo. Igor debutta a soli 16 anni in Serie C1 nel Rimini, il 27 maggio 1984. Non ancora diciottenne passa al Livorno, dove resta tre stagioni. Dopo una breve parentesi in prestito alla Virescit Bergamo viene acquistato dal Messina, con il quale esordisce in Serie B, segnando 31 gol in tre anni.
Nel 1992 passa al Bari: dopo due stagioni fra i cadetti, è promosso con i pugliesi in Serie A. Nella stagione 1994-1995 appare per la prima volta fra i marcatori di Serie A con una doppietta ai danni del Genoa. Nel corso della stagione successiva raggiunge 24 gol che gli valgono, assieme a Giuseppe Signori, il titolo di capocannoniere di Serie A; segna anche doppiette contro l’Inter, l’Atalanta e la Cremonese. Tuttavia i suoi gol non bastano a salvare il Bari (mai nella storia del campionato italiano di Serie A un capocannoniere era appartenuto a una squadra retrocessa), che sarà costretto a cedere proprio alla Lazio il calciatore per 7 miliardi di lire, dopo essere sfumato un contratto con l’Inter.
Con i biancocelesti segna 7 gol, poi passa al Napoli; nel 1998 torna alla Lazio che poi lo cede in prestito alla Reggiana, fra i cadetti. Nel 1999 passa al Livorno, in Serie C1: segna 11 gol. Nella stagione 2000-2001 è capocannoniere del girone (20 gol) e in quella successiva si ripete stabilendo con 27 gol il record assoluto per la Serie C1: 27 (a pari merito con Christian Riganò). Le sue reti portano il Livorno in Serie B dopo trentun anni. Alla sua prima stagione tra i cadetti con gli amaranto, diventa capocannoniere della Serie B con 23 reti, divenendo così l’unico calciatore (insieme a Dario Hubner) ad aver vinto le classifiche marcatori di tutte e tre le categorie professionistiche.
Nella stagione 2003-2004 infila la porta 24 volte; al suo fianco in attacco c’è Cristiano Lucarelli, che ne fa 29: dopo cinquantaquattro anni il Livorno torna in Serie A. Qui, a 37 anni, segna 6 gol e annuncia il ritiro. La sua ultima partita è Livorno-Juventus (2-2), che Protti celebra, manco a dirlo, segnando l’ultimo gol della propria carriera. Con la partita Livorno-Milan del 21 dicembre 2005 il Livorno ritira la maglia numero 10 in suo onore. Due anni dopo lo stesso Protti acconsente a rimandare in campo quella maglia, lasciandola indossare a Francesco Tavano.
Il 18 agosto 2021 Protti torna a rivestire i panni dirigenziali come club manager della neonata Unione Sportiva Livorno 1915 (società fondata in seguito all’esclusione da tutti i campionati della vecchia A.S. Livorno Calcio causa inadempienze finanziarie), iscritta al campionato di Eccellenza Toscana.
Durante la sua carriera, Igor Protti ha giocato 651 partite segnando 248 reti, alla media di 0,38 gol a partita. Il 27 marzo 2007 ha ricevuto la cittadinanza onoraria di Livorno e il giorno dopo quella di Bari.
Ogni anno l’ASD Sant’Ermete, organizza il Memorial Flavio Protti, uno dei tornei internazionali di calcio più importanti per la categoria Esordienti.
Il memorial è dedicato a Flavio Protti, padre di Igor, fondatore dell’A.S.D. Sant’Ermete e vede la partecipazione di squadre professioniste e non della categoria Esordienti. La prima edizione è stata realizzata nel 2004.